『紅巾党の乱』から数ヶ月、神聖ブリタニア帝国に占領されたスペインは、エリア24とされ、第88皇女マリーベル・メル・ブリタニアによって統治されていた。その傍らにはオルドリンなき今、仮面の騎士ライアーの姿があった。
スペインの反ブリタニア勢力『マドリードの星』によって起こされたテロに対して打つ手の無いグリンダ騎士団。そんな中、ライアーの駆るヴィンセント・グラムが舞い降りる。
『紅巾党の乱』を治めた功績を認められ、エリア24を統治する第88皇女マリーベル・メル・ブリタニアのグリンダ騎士団は大幅に増強され、大グリンダ騎士団へと成長していた。しかし、仮面の騎士ライアーの存在は、騎士団内に暗雲をもたらしていた。
活発化する「マドリードの星」に対し、マリーベルはライアーとその乗機、ヴィンセント・グラムにのみ出撃命令を出し、鎮圧へと向かわせる。
新型ナイトメア・アマネセールとその謎のパイロットの参入により活気づくマドリードの星。ゼロの復活によりエリア24の戦力が分散されたことを好機と見たマドリードの星は、総督マリーベル拿捕の作戦を決行する。しかしそれは、マドリードの星を一網打尽にせんとするマリーベルの計略だった。一人残されたアマネセールを処刑するべくライアーのヴィンセント・グラムが牙をむく。
エリア11でのゼロの復活を受けて、ブリタニア本国では各地の反ブリタニア勢力に対する対策会議が開かれることになった。これに参加する事になったエリア24総督マリーベルは筆頭騎士のライアーを伴ってブリタニア帝国の首都ペンドラゴンを訪れる。ライアーの素性を言及された事から皇帝シャルルの命により、御前試合を行う事になったライアーは、帝国最強のナイトオブラウンズ2人と刃を交える。
復活したゼロの対策会議のために首都ペンドラゴンを訪れていたマリーベルと筆頭騎士のライアーは、ブリタニア本土内で進められている大規模テロの情報を掴んだ本国から、これの対処を命じられる。ライアーは単身、自らが持つ変身のギアスを用いてテロ組織『ISF』がアジトとする小島へと潜入する。マリーベルから徹底的な壊滅を命じられたライアーはヴィンセント・グラムを用い、テロの芽を根絶やしにするのだった。
対策会議を終えエリア24に戻るため、輸送機でペンドラゴンを発つマリーベルとライアーだったが、その帰路の洋上で正体不明のナイトメアの強襲を受ける。ライアーはこれに対抗するため飛行機能を持たないヴィンセント・グラムで出撃する。機上で奮闘するライアーだが、機動性能の大きな差を埋めることが出来ない。マリーベルを守ることを第一とするライアーは、空へと機体を躍らせた。
エリア24の南東部に面するムラセン山。その山岳部に建造された要塞の攻略を、ライアーとレオンハルトの二人が命ぜられる。ナイトメアによる困難な山壁の登攀の末、二人の間に奇妙な感情が生まれる。ライアーに不信感を抱くレオンハルトと、それを意に介さなかったライアーだったが、同じ目的に向かう中で互いのことを少し理解する。戦闘に入ると、飛行形態となったブラッドフォードとヴィンセント・グラムはかつてのグレイルのように合体を果たす。
エリア11で再起した黒の騎士団のナイトメア開発担当主任であるラクシャータ・チャウラーがリビアで新型量産機の生産をしている情報を得たマリーベルは、ラクシャータの身柄を押さえるべく、ライアーとティンクをリビアに派遣する。ところが、大グリンダ騎士団の動きを察知したのか、ラクシャータは姿を消しており、待っていたのはトラップハウスと化した工場と新型量産機だった。
親ブリタニアに傾いているように見える中華連邦だったが、政治を執る大宦官の一人が不審な動きを取っていることを察知したマリーベルはライアーを調査に向かわせる。ライアーはその先で美しい東洋人の少女と出会う。少女の名はシュ・リーフォン。かつて紅巾党の乱を引き起こしたシュ・シンフォンの忘れ形見だった。出会った当初は行動を共にするも、ライアーが紅巾党を壊滅させたマリーベルの騎士だと知り、二人は相対することになるのだった。
中華連邦でのミッションを終えたライアーだったが、休む暇もなくトルコの港湾都市イズミルへと向かうことになる。エリア11で復活したゼロの率いる黒の騎士団に参加しようとする人間が集まっているためだ。中にはユーロピア共和国連合から持ち出された試作機にラクシャータが手を加えたものがあるという。荒草(アレクサ)と呼ばれるそれを破壊するのがライアーに与えられた使命だった。
ライアーがミッションから戻って間もなく、エリア24をひとつの噂が賑やかせた。夜な夜な仮面の騎士がパトロール部隊を襲撃するというのだ。仮面の騎士ライアーを筆頭騎士とするグリンダ騎士団の名を落とすわけにはいかない、とマリーベルは正体不明の仮面の騎士を追う。そのために自らを囮にして、仮面の騎士を誘き出すマリーベル。その騎士の正体は、戦死したとされるジェレミア・ゴットバルトだった。
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