ブリタニアに改造された紅蓮を用いて脱出したカレンが戦線へと復帰。その強大な戦闘力に追い詰められたスザクは、ギアスによって無意識に搭載された大量破壊兵器フレイヤを使用してしまう。すべてを飲み込む緋色の光は政庁で真実にたどり着いたレドさえも飲み込んでしまった。

　レドの情報を裏付けにゼロの正体と目されたルルーシュはブリタニア軍から逃亡。それがきっかけのように激化していく黒の騎士団とブリタニア軍の戦闘の最中、レドは更なる真実を知るために政庁へと赴く。

　明かされるレドの過去。その凄惨な少年時代が今もなお、レドを縛る。尊敬するスザクを監視し、友であるシュネーを欺き続けるレドの裏切りとも言える行為。それが自らの心を苦しめていた。

　スザクの部下でありながらその動向を探るレド。その調査の先に浮かぶルルーシュ・ランペルージという少年の存在に疑問を抱いたレドは、スザクとルルーシュの通うアッシュフォード学園に潜入する。

　新総督就任のため、エリア１１へと向かうログレス級浮遊航空艦が黒の騎士団の奇襲を受ける。黒の騎士団を率いるゼロの目的は新総督ナナリー・ヴィ・ブリタニアの拿捕。スザクらナイトオブラウンズとコノエナイツは、阻止のために出撃する。

　幾度も命を救われたシュネーは、アイダホにあるヘクセン家にスザクを招待する。しかし、ナンバーズに対して強い偏見を抱くシュネーの両親はスザクに対しても強い差別意識を持っていた。そんな折、ヘクセン領がテロの脅威にさらされる。

　スザクの助けにより、戦闘には勝利するもののシュネーの機体を大きく損傷してしまったコノエナイツは一旦ブリタニアへと帰国する。その際、ペンドラゴンでゼロの復活を目にするスザク。フランスのグランビル海岸線での戦いに合流するように命じられたスザクは単身参加する。

　ベラルーシに続きポーランド近郊でユーロ・ブリタニア残党との戦闘になるスザクたち。同じブリタニア人との戦闘で結果的に行動不能になるシュネー。戦闘には勝利するものの機体を大きく損傷してしまい一旦帰国する。その際、ペンドラゴンでゼロの復活を目にするスザク。フランスのグランビル海岸線での戦いに合流するように命じられたスザクは単身参加しユーロピア軍に勝利する。

　ベラルーシでの戦いを終え、ミンスクに駐留するスザクたち。絶体絶命の危機を単身乗り越えたスザクに対し、レドは興味を持つ。

　ベラルーシの国境付近で縦深陣を引く、ロメロ・バルクライ将軍率いるユーロピア共和国軍第６軍集団は、ブリタニア軍に互角以上の戦いを見せていた。当初優勢を見せていたシュネーの部隊も罠に陥り、危機に瀕する。その時、スザクはシュネーを救うため、単騎で敵軍の中に飛び込む。

　ナイトオブセブンとなったスザクにシュナイゼルから初めて命令が下される。ブリタニアに徹底抗戦を唱えるユーロピア共和国連合の勢力を制圧するというもの。スザクは、シュナイゼルにあてがわれた親衛隊となる少年、シュネーとレドを引き連れてベラルーシへと向かう。

　ゼロ捕縛の功績を認められ、神聖ブリタニア帝国最強の騎士ナイトオブラウンズの称号を得ることになった枢木スザク。しかし、被支配国エリア１１とされた日本の出身であるスザクの成功を妬み、不穏な空気の漂う叙任式。スザクは居並ぶ騎士たちに宣言する。
　——異を唱えるものあらば、力で示せ、と。